Postdoktor i AI-driven spatial biologi i den mänskliga tarmen

Arbetsuppgifter

Hur organiserar sig celler till komplexa mänskliga vävnader, och kan AI avslöja vävnadsarkitekturen vid hälsa och sjukdom? Koplev-labbet vid KTH och SciLifeLab söker en ambitiös postdoktor som ska leda utvecklingen av beräkningsmetoder för att modellera mänsklig vävnadsarkitektur med hjälp av data från encells- och spatial transkriptomik.

Tjänsten ingår i ett forskningsprojekt som finansieras av Digital Futures, i samarbete med biträdande lektor Wei Ouyangs AICell Lab. Projektet syftar till att utveckla autonoma AI-system som kan utföra bioinformatiska analyser från början till slut – inklusive att skriva och köra kod, utvärdera resultat, förfina analysmetoder och generera biologiska hypoteser som kan testas. En central utmaning är att fastställa hur AI-agenter kan testas och övervakas på ett rigoröst sätt för att möjliggöra vetenskapliga upptäckter.

Forskningen kommer att fokusera på sjukdomar i mag-tarmkanalen, såsom Crohns sjukdom, ulcerös kolit och kolorektalcancer. Projektet innefattar utveckling och utvärdering av metoder inom maskininlärning för att identifiera celltyper och karakterisera vävnadsnischer vid olika sjukdomstillstånd.

Den sökande kommer att leda forskningsprojekt i skärningspunkten mellan artificiell intelligens, maskininlärning och spatial biologi. Arbetsuppgifterna inkluderar:

• Att utveckla och utvärdera AI-agenter för automatiserad analys av data från encells- och spatial transkriptomik.
• Att integrera storskaliga dataset från spatial transkriptomik, med hänsyn till olika teknologier, vävnader och sjukdomar.
• Att undersöka biologiska mekanismer bakom vävnadsorganisering, såsom immuncellers migration och signalering mellan celler.
• Att sprida forskningsresultat genom vetenskapliga publikationer, konferenser och mjukvara med öppen källkod.

Den sökande blir en del av en växande och samarbetsinriktad forskargrupp vid institutionen för genteknologi och SciLifeLab. Laboratoriets bredare forskningsprogram studerar vävnadsarkitektur i mag-tarmkanalen, hjärtat och det kardiovaskulära systemet, vilket ger utrymme att utveckla nya vetenskapliga inriktningar utifrån den sökandes egna intressen och expertis. Postdoktorn förväntas bidra till gruppens vetenskapliga utveckling, bland annat genom att handleda studenter och stödja samarbetsprojekt. Tjänsten erbjuder möjligheter att utveckla vetenskapligt ledarskap och etablera en självständig forskningsprofil, som förberedelse för en framtida karriär som forskargruppsledare eller senior forskare.

Mer information: https://www.scilifelab.se/researchers/simon-koplev/

Kvalifikationer

Krav

• Doktorsexamen eller en motsvarande utländsk examen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten för anställningsbeslutet.
• Omfattande forskningskompetens inom beräkningsbiologiska metoder för data från encells- eller spatial transkriptomik.
• Dokumenterad vetenskaplig skicklighet, visad genom starka vetenskapliga publikationer och meriter i förhållande till karriärsteg.
• Erfarenhet av att utveckla eller tillämpa metoder inom maskininlärning, inklusive djupinlärning, grundmodeller (foundation models), stora språkmodeller eller autonoma AI-agenter.

Meriterande

• Vid sista ansökningsdag högst tre år sedan doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen avlades.
• Mycket kreativ forskare med bred vetenskaplig nyfikenhet
• Behärskning av datavisualisering och vetenskaplig kommunikation
• Exceptionella samarbetsförmågor
• Självmotiverad individ med förmåga att arbeta självständigt
• Undervisnings- och mentorskapsförmåga eller intresse för personlig utveckling
• Medvetenhet om mångfald och likabehandlingsfrågor, med särskilt fokus på jämställdhet

Vi välkomnar sökande med olika bakgrund och med kompletterande styrkor.

Vi kommer att lägga stor vikt vid personliga egenskaper.

Bli en del av KTH

KTH formar framtiden genom utbildning, forskning och innovation. Som ett ledande internationellt tekniskt universitet spelar vi en aktiv roll i att driva och medverka i omställningen till ett hållbart samhälle. Här erbjuds du möjligheten att växa och utvecklas på en kreativ och dynamisk arbetsplats med goda arbetsvillkor och förmåner. Jämställdhet, mångfald och lika villkor är en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund som universitet och statlig myndighet.

Läs mer om våra förmåner och hur det är att arbeta och utvecklas på KTH.

Fackliga representanter

Kontaktuppgifter till fackliga representanter.

Ansökan

Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in.

Ansökan ska innehålla:

• CV inklusive relevant yrkeserfarenhet och kunskap.
• Kort motivationsbrev som beskriver varför du vill forska, dina akademiska intressen och hur de relaterar till dina tidigare studier och framtida mål. Max två sidor.
• Kopia av examensbevis från din doktorsexamen. Översättningar till engelska eller svenska om originaldokumenten inte har utfärdats på något av dessa språk.

Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (Central European Time/Central European Summer Time).

Om anställningen

Anställningen gäller tillsvidare, dock längst två år

En anställning som postdoktor är en tidsbegränsad meriteringsanställning med huvudinriktning mot forskning avsedd som ett första karriärsteg efter disputation.

Övrigt

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering.

Det kan förekomma att en anställning hos KTH är placerad i säkerhetsklass. Om så är fallet för just denna anställning görs en säkerhetsprövning av sökande i enlighet med säkerhetsskyddslagen (2018:585) efter samtycke. I dessa fall är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd efter säkerhetsprövning.

Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.